Činnost ČHS v jednotlivých oblastech zajišťují především odborné komise, které se dále mohou členit na subkomise. Činnost komisí stručně upravují Stanovy ČHS (§ 21).
Počet a zaměření komisí určuje výkonný výbor, který také jmenuje a odvolává předsedy komisí a subkomisí. Členy jednotlivých komisí a subkomisí jmenují jejich předsedové.
Předsedové i členové komisí jsou dobrovolníci, kteří pracují pro ČHS ve svém volném čase.
V současnosti má ČHS 13 odborných komisí a subkomisí: